2月28日烏克蘭危機爆發后，殼牌公司強硬宣布退出包括“薩哈林2號”在內的一切在俄業務，日本考慮到能源供給現實，表示不會退出該項目。6月30日，俄羅斯總統普京簽署總統令，要求將“薩哈林2號”項目移交給俄羅斯企業運營。日本上下一度非常緊張，擔心來自該項目的天然氣供應被掐斷。

對于身陷電力不足、電費暴漲困境的日本來說，如果“薩哈林2號”被斷氣，后果很嚴重。“薩哈林2號”是日本進口俄羅斯天然氣的最主要來源。日本以長期合同采購的俄天然氣被用于東京電力公司等電力巨頭的火力發電。廣島燃氣公司每年采購的天然氣中約一半來自俄羅斯。在全球能源價格暴漲、天然氣供應極不穩定的背景下，如果失去“薩哈林2號”的長期合同，而在現貨市場采購，價格暴漲的不利影響將加劇，同時國內需求能否得到保證也面臨不確定性。為了維持穩定的天然氣進口，日本政府“特事特辦”，積極支持三井物產與三菱商事與俄方展開談判，爭取在新成立的“薩哈林2號”運營公司內保持之前參股份額及長期供應等權益。

此前，“薩哈林2號”項目由俄羅斯天然氣工業股份公司、殼牌公司、三井物產和三菱商事組成的合資公司共同運營，日本兩家公司占股比例雖然不是最高，但該項目年產天然氣的約60%向日本出口。根據最新消息，三井物產與三菱商事獲準繼續出資新的運營公司，出資比率維持12.5%和10%不變。此外，有消息說，目前東京電力與中部電力聯合出資的日本JERA公司、東京燃氣公司、廣島燃氣公司均已與“薩哈林2號”新運營商簽署了長期采購協議。

有報道稱，民間公司要想繼續投資“薩哈林2號”可能會面臨阻力。日本政府雖要求民間公司繼續維持在該項目中的權益，卻沒有對企業未來有可能面臨的風險給出承諾。在三菱商事的投資表決會上，董事會成員曾展開激辯，提出各種質疑：如果公司應日本政府請求繼續參與該項目投資、而之后政府態度變卦反轉，該如何向股東解釋、造成的損失是否會獲得政府的彌補?

有專家分析稱，現在說“薩哈林2號”更換運營商不會影響日本天然氣供給穩定還言之過早。由于殼牌再次確認退出，三井物產與三菱商事在新運營公司的發言權相對下降。獲準繼續投資、維持原有出資比例只是一個開始，接下來的談判如何進展仍存在不確定性。2007年“薩哈林2號”項目已經發生過一次大規模股權結構變更，三井物產與三菱商事的持股比例被削去一半，未來該項目仍面臨不確定性，對于能源嚴重依賴進口的日本來說，警報并未完全解除。